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當(dāng)前位置:
ISSR
ISSR/簡單重復(fù)序列間擴(kuò)增
ISSR ( inter simple sequence repeat) 又稱簡單重復(fù)序列間擴(kuò)增,是近年來發(fā)展起來的一類新型的分子標(biāo)記技術(shù)。該技術(shù)根據(jù)植物基因組中豐富的簡單重復(fù)序列設(shè)計單一引物,對基因組DNA進(jìn)行擴(kuò)增,利用了RAPD技術(shù)的優(yōu)點和基因組中豐富的SSR序列信息,具有操作簡單、可靠性強(qiáng)、重復(fù)性高、DNA模板用量少、不需預(yù)先設(shè)計引物的特點,可用來揭示樣本間的遺傳多樣性。
1)PCR-ISSR實驗路線
前期確認(rèn)階段:試驗樣本類型,數(shù)量,引物,簽訂試驗合作合同;
試驗費用:DNA提取30元一個樣本,PCR+電泳檢測15元一個反應(yīng),分析單獨收費(視工作量而定);23個樣本,10對引物包括引物篩選試驗費用大約5000元。
試驗階段:DNA提取,PCR擴(kuò)增,電泳檢測
數(shù)據(jù)分析:和客戶詳細(xì)溝通,確認(rèn)分析方案:讀取01矩陣;聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點數(shù)(AP) 、多態(tài)位點百分率( P) 、平均等位基因數(shù)(N a) 、有效等位基因數(shù)(N e) 、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H) 、Shannon′s信息指數(shù)( I) 、遺傳分化度(Gst)等。利用NTSYS進(jìn)行聚類分析。
2)客戶提供:
★ 基因組DNA:
●濃度為50-100ng/μL;(每個位點用2-3LμL,請根據(jù)引物數(shù)計算總體積)
●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶,沒有降解;
●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運輸;
★ 動物材料: 新鮮組織,無水乙醇封存低溫運輸;