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當(dāng)前位置:
MSAP
甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性,它是在擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性技術(shù)的基礎(chǔ)上建立起來(lái)的。MSAP技術(shù)相對(duì)其他測(cè)定DNA甲基化程度技術(shù)有如下優(yōu)點(diǎn):
(1)不需知道被測(cè)DNA的序列信息,在不同生物上具有通用性,可用于DNA序列背景知識(shí)未知的生物。
(2)操作相對(duì)簡(jiǎn)便,在AFLP技術(shù)體系的基礎(chǔ)上不需要太大改進(jìn),即可操作。
(3)可在全基因組范圍檢測(cè)CCGG位點(diǎn)的胞嘧啶甲基化變化。MSAP技術(shù)的局限性在于不能完成非CCGG位點(diǎn)的胞嘧啶甲基化。
MSAP的選擇擴(kuò)增產(chǎn)物目前主要通過(guò)兩種方法進(jìn)行分離檢測(cè),傳統(tǒng)的聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)的方法和自動(dòng)化程度較高的毛細(xì)管凝膠電泳(FISH)進(jìn)行檢測(cè)。
PAGE方法主要是優(yōu)點(diǎn)是引物可以是普通引物,適用于少量樣本或者大量樣本的引物篩選比較合適,另外還可以對(duì)差異條帶進(jìn)行克隆測(cè)序,獲得差異條帶的序列信息。
毛細(xì)管電泳檢測(cè)方法的優(yōu)點(diǎn)是自動(dòng)化,可以對(duì)大量樣本進(jìn)行實(shí)驗(yàn),速度快,后期的條帶讀取可以依靠軟件,降低了人為讀取的標(biāo)準(zhǔn)不一。
1)MSAP服務(wù)內(nèi)容
1 樣本基因組DNA的提取
2 篩選多態(tài)性較好的引物(酶切,預(yù)擴(kuò),選擇性擴(kuò)增)
3-1 在ABI3730xl測(cè)序儀上完成數(shù)據(jù)采集
3-2 或是在JY-CX2B型 測(cè)序電泳槽上完成PAGE 檢測(cè)(可以回收差異帶)
數(shù)據(jù)分析:和客戶詳細(xì)溝通,確認(rèn)分析方案:讀取01矩陣,PAGE膠建議客戶自己讀取;
2)客戶提供:
★ 基因組DNA:
●至少15μL樣品,濃度為50-100ng/μL;
●2%瓊脂糖電泳檢測(cè)有DNA主帶,沒(méi)有降解;
●DNA經(jīng)過(guò)DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運(yùn)輸;
★ 動(dòng)物材料: 新鮮組織,無(wú)水乙醇封存低溫運(yùn)輸;
3)試驗(yàn)費(fèi)用:
MSAP 毛細(xì)管電泳檢測(cè) | 按照96個(gè)樣本進(jìn)行隨機(jī)8對(duì)引物計(jì)算,提供01矩陣 | ||
項(xiàng)目 | 單價(jià) | 數(shù)量 | 金額 |
DNA提取 | 30 | 96 | 2880 |
引物 | 300 | 0 | 0 |
酶切 | 40 | 192 | 7680 |
預(yù)擴(kuò) | 15 | 192 | 2880 |
選擇性擴(kuò)增 | 10 | 1536 | 15360 |
毛細(xì)管檢測(cè) | 800 | 16 | 12800 |
讀帶、分析 | 議價(jià) | ||
合計(jì) | 41600 | ||
MSAP PAGE電泳檢測(cè) | 按照25個(gè)樣本進(jìn)行隨機(jī)8對(duì)引物計(jì)算,提供PAGE膠圖 | ||
項(xiàng)目 | 單價(jià) | 數(shù)量 | 金額 |
DNA提取 | 30 | 25 | 750 |
純化 | 10 | 25 | 250 |
酶切 | 40 | 50 | 2000 |
預(yù)擴(kuò) | 15 | 50 | 750 |
選擇性擴(kuò)增 | 10 | 400 | 4000 |
PAGE檢測(cè) | 800 | 8 | 6400 |
讀帶、分析 | 議價(jià) | ||
合計(jì) | 14150 |