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當(dāng)前位置:
AFLP技術(shù)服務(wù)
AFLP技術(shù)服務(wù)
AFLP標(biāo)記技術(shù)是1993年由荷蘭的Zabeau和Vos博士提出并完善的?,F(xiàn)已廣泛應(yīng)用于生物多樣性,指紋圖譜的構(gòu)建,遺傳圖譜的構(gòu)建,基因克隆等諸多研究領(lǐng)域,顯示了廣闊的應(yīng)用前景。AFLP與其他分子標(biāo)記相比具有:1、DNA 用量少;2、可重復(fù)性好;3、多態(tài)性強(qiáng);4、分辨率高;5、樣品適用性廣,6、對(duì)基因組序列信息依賴性低等優(yōu)點(diǎn)。在物種的多態(tài)性分析中獲得廣泛的應(yīng)用。AFLP的選擇擴(kuò)增產(chǎn)物目前主要通過(guò)兩種方法進(jìn)行分離檢測(cè),傳統(tǒng)的聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)的方法和自動(dòng)化程度較高的毛細(xì)管凝膠電泳進(jìn)行檢測(cè)。
PAGE方法主要是AFLP的選擇擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)過(guò)聚丙烯酰胺凝膠電泳得到分離,然后通過(guò)銀染將條帶顯現(xiàn)出來(lái),然后通過(guò)照相得到相應(yīng)的圖片,優(yōu)點(diǎn)是引物可以是普通引物,價(jià)格相對(duì)較低,做少量樣本或者大量樣本的引物篩選比較合適,另外還可以對(duì)差異條帶進(jìn)行克隆測(cè)序,獲得差異條帶的序列信息。
毛細(xì)管電泳檢測(cè)方法的優(yōu)點(diǎn)是自動(dòng)化,可以對(duì)大量樣本進(jìn)行實(shí)驗(yàn),速度快,后期的條帶讀取可以依靠軟件,降低了人為讀取的標(biāo)準(zhǔn)不一。
1)AFLP服務(wù)內(nèi)容
1 樣本基因組DNA的提取
2 篩選多態(tài)性較好的引物(酶切,預(yù)擴(kuò),選擇性擴(kuò)增)
3-1 在ABI3730xl測(cè)序儀上完成數(shù)據(jù)采集
3-2 或是在JY-CX2B型 測(cè)序電泳槽上完成PAGE 檢測(cè)(可以回收差異帶)
4 數(shù)據(jù)分析:和客戶詳細(xì)溝通,確認(rèn)分析方案:讀取01矩陣(PAGE膠讀取另外收費(fèi));聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點(diǎn)數(shù)(AP) 、多態(tài)位點(diǎn)百分率( P) 、平均等位基因數(shù)(N a) 、有效等位基因數(shù)(N e) 、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H) 、Shannon′s信息指數(shù)( I) 、遺傳分化度(Gst)等。利用NTSYS進(jìn)行聚類分析。
2)目前已經(jīng)進(jìn)行的樣本類型:樹(shù)木,草,花卉,昆蟲(chóng),魚(yú)類,蝦類,真菌等;
3)客戶提供:
★ 基因組DNA:
●至少15μL樣品,濃度為50-100ng/μL;
●2%瓊脂糖電泳檢測(cè)有DNA主帶,沒(méi)有降解;
●DNA經(jīng)過(guò)DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運(yùn)輸;
★ 動(dòng)物材料: 新鮮組織,無(wú)水乙醇封存低溫運(yùn)輸;
4)報(bào)價(jià)體系:
AFLP毛細(xì)管電泳檢測(cè) | 按96個(gè)樣本隨機(jī)8對(duì)引物計(jì)算,提供01矩陣 | |||
項(xiàng)目 | 單價(jià)(元) | 數(shù)量 | 金額 | 備注 |
DNA提取 | 30 | 96 | 2880 | 96個(gè)樣品 |
純化 | 10 | 96 | 960 | |
引物 | 300 | 0 | 0 | FAM標(biāo)記,其他標(biāo)記350元 |
酶切 | 40 | 96 | 3840 | |
預(yù)擴(kuò) | 15 | 96 | 1440 | |
選擇性擴(kuò)增 | 10 | 768 | 7680 | 8對(duì)引物 |
毛細(xì)管檢測(cè) | 800 | 8 | 6400 | |
讀帶、分析 | 議價(jià) | |||
合計(jì) | 23200 | |||
AFLP | 按照50個(gè)樣本隨機(jī)8對(duì)引物計(jì)算,提供PAGE膠圖 | |||
項(xiàng)目 | 單價(jià) | 數(shù)量 | 金額 | 備注 |
DNA提取 | 30 | 50 | 1500 | 50個(gè)樣品 |
純化 | 10 | 50 | 500 | |
酶切 | 40 | 50 | 2000 | |
預(yù)擴(kuò) | 15 | 50 | 750 | |
選擇性擴(kuò)增 | 10 | 400 | 4000 | 8對(duì)引物 |
PAGE檢測(cè) | 800 | 8 | 6400 | |
讀帶、分析 | 議價(jià) | |||
合計(jì) | 15150 |