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AFLP技術(shù)服務(wù)
AFLP技術(shù)服務(wù)
AFLP標記技術(shù)是1993年由荷蘭的Zabeau和Vos博士提出并完善的。現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于生物多樣性,指紋圖譜的構(gòu)建,遺傳圖譜的構(gòu)建,基因克隆等諸多研究領(lǐng)域,顯示了廣闊的應(yīng)用前景。AFLP與其他分子標記相比具有:1、DNA 用量少;2、可重復(fù)性好;3、多態(tài)性強;4、分辨率高;5、樣品適用性廣,6、對基因組序列信息依賴性低等優(yōu)點。在物種的多態(tài)性分析中獲得廣泛的應(yīng)用。AFLP的選擇擴增產(chǎn)物目前主要通過兩種方法進行分離檢測,傳統(tǒng)的聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)的方法和自動化程度較高的毛細管凝膠電泳進行檢測。
PAGE方法主要是AFLP的選擇擴增產(chǎn)物經(jīng)過聚丙烯酰胺凝膠電泳得到分離,然后通過銀染將條帶顯現(xiàn)出來,然后通過照相得到相應(yīng)的圖片,優(yōu)點是引物可以是普通引物,價格相對較低,做少量樣本或者大量樣本的引物篩選比較合適,另外還可以對差異條帶進行克隆測序,獲得差異條帶的序列信息。
毛細管電泳檢測方法的優(yōu)點是自動化,可以對大量樣本進行實驗,速度快,后期的條帶讀取可以依靠軟件,降低了人為讀取的標準不一。
1)AFLP服務(wù)內(nèi)容
1 樣本基因組DNA的提取
2 篩選多態(tài)性較好的引物(酶切,預(yù)擴,選擇性擴增)
3-1 在ABI3730xl測序儀上完成數(shù)據(jù)采集
3-2 或是在JY-CX2B型 測序電泳槽上完成PAGE 檢測(可以回收差異帶)
4 數(shù)據(jù)分析:和客戶詳細溝通,確認分析方案:讀取01矩陣(PAGE膠讀取另外收費);聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點數(shù)(AP) 、多態(tài)位點百分率( P) 、平均等位基因數(shù)(N a) 、有效等位基因數(shù)(N e) 、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H) 、Shannon′s信息指數(shù)( I) 、遺傳分化度(Gst)等。利用NTSYS進行聚類分析。
2)目前已經(jīng)進行的樣本類型:樹木,草,花卉,昆蟲,魚類,蝦類,真菌等;
3)客戶提供:
★ 基因組DNA:
●至少15μL樣品,濃度為50-100ng/μL;
●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶,沒有降解;
●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;
●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;
★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運輸;
★ 動物材料: 新鮮組織,無水乙醇封存低溫運輸;
4)報價體系:
AFLP毛細管電泳檢測 | 按96個樣本隨機8對引物計算,提供01矩陣 | |||
項目 | 單價(元) | 數(shù)量 | 金額 | 備注 |
DNA提取 | 30 | 96 | 2880 | 96個樣品 |
純化 | 10 | 96 | 960 | |
引物 | 300 | 0 | 0 | FAM標記,其他標記350元 |
酶切 | 40 | 96 | 3840 | |
預(yù)擴 | 15 | 96 | 1440 | |
選擇性擴增 | 10 | 768 | 7680 | 8對引物 |
毛細管檢測 | 800 | 8 | 6400 | |
讀帶、分析 | 議價 | |||
合計 | 23200 | |||
AFLP | 按照50個樣本隨機8對引物計算,提供PAGE膠圖 | |||
項目 | 單價 | 數(shù)量 | 金額 | 備注 |
DNA提取 | 30 | 50 | 1500 | 50個樣品 |
純化 | 10 | 50 | 500 | |
酶切 | 40 | 50 | 2000 | |
預(yù)擴 | 15 | 50 | 750 | |
選擇性擴增 | 10 | 400 | 4000 | 8對引物 |
PAGE檢測 | 800 | 8 | 6400 | |
讀帶、分析 | 議價 | |||
合計 | 15150 |