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SSR檢測

發(fā)布時間:2022-08-19瀏覽次數(shù):5170

STR/SSR微衛(wèi)星分析

微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴(kuò)增和電泳檢測,并根據(jù)片段大小分離等位基因進(jìn)行分析;擴(kuò)增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測,1)傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳銀染的方法適用于前期批量引物篩選;2)利用ABI遺傳分析儀對熒光標(biāo)記的DNA片段進(jìn)行檢測,結(jié)合分子量內(nèi)標(biāo)進(jìn)行DNA片段長度計算,使STR分型變得快捷,適合大量樣本的檢測。

項目名稱
項目費(fèi)用備注
微衛(wèi)星
? ? ? ?(STR/SSR分型)
SSR引物開發(fā)利用磁珠富集法從未知物種里邊開發(fā)30,000元開發(fā)出40條特異性引物,并進(jìn)行測序膠引物驗證;
SSR引物篩選PCR擴(kuò)增8元/孔96個以上優(yōu)惠
PAGE篩選12-16元/孔一板50個孔

SSR批量試驗PCR擴(kuò)增5元/孔96個以上優(yōu)惠
3730xl測序儀檢測8-12元/孔96個樣本一板,批量不足一板按一板計算;
? ? ? ?條帶讀取,統(tǒng)計分析另外收費(fèi)


1) 提供服務(wù)內(nèi)容

1 按照客戶要求設(shè)計實驗方案,包括是否需要引物篩選,熒光標(biāo)記的選擇,引物的設(shè)計、合成和標(biāo)記;引物組合的確定;

2-1 按照設(shè)計的試驗方案完成引物篩選;(如果已經(jīng)選好跳過這一步)

2-2 完成熒光PCR,并在3730xl測序儀上完成數(shù)據(jù)采集;(前期會進(jìn)行預(yù)實驗)

3 對沒有擴(kuò)增出來的進(jìn)行二次PCR,再次檢測;

4 對收集的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,提取結(jié)果圖譜

5 可以去除影子帶進(jìn)行片段統(tǒng)計

6 標(biāo)準(zhǔn)分析: 根據(jù)毛細(xì)管電泳圖譜,將檢測峰判讀為對應(yīng)的等位基因;

高級分析:聚類分析;多樣性分析;多態(tài)位點數(shù)(AP)、多態(tài)位點百分率( P)、平均等位基因數(shù)(Na)、有效等位基因數(shù)(Ne)、Nei′s基因多樣性指數(shù)(H)、Shannon′s信息指數(shù)(I)、遺傳分化度(Gst)等。

2)目前已經(jīng)進(jìn)行的樣本類型:樹木,草,花卉,昆蟲,魚類,蝦類,真菌等;

3)客戶提供:

★ 基因組DNA:

●至少15μL樣品,濃度為50-100ng/μL;

●2%瓊脂糖電泳檢測有DNA主帶,沒有降解;

●DNA經(jīng)過DNA純化試劑盒或磁珠純化;

●DNA需溶解在TE或滅菌的去離子水里;

●DNA溶解后,肉眼看不到雜色;

★ 植物材料: 新鮮組織,葉片采用硅膠干燥后或干冰運(yùn)輸;

★ 動物材料: 新鮮組織,無水乙醇封存低溫運(yùn)輸;

01放<mark><mark>底</mark></mark>下


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